El IDHC lleva a cabo tres líneas de trabajo paralelas e interdependientes: la sensibilización y la promoción de los derechos humanos, el asesoramiento, y la formación en materia de derechos humanos.

En cada una de estas líneas se otorga especial atención a la relación con otras instituciones, a la participación en red y a las actividades de estudio e investigación.

En el campo de la sensibilización y la promoción se llevan a cabo actividades de diferente naturaleza y en campos temáticos también diversos (conflictos olvidados, derechos en la ciudad, derechos emergentes, derechos humanos en la calle...), con un objetivo común: difundir la cultura de los derechos humanos en nuestra sociedad para hacer efectivo el respeto, disfrute y garantía de los derechos fundamentales.

Respecto a las actividades de asesoramiento, el IDHC lleva a cabo funciones de consultoría, de apoyo técnico y científico a instituciones públicas en el desarrollo e implementación de, por ejemplo, la Carta Europea de Salvaguarda de los Derechos Humanos en la Ciudad. Además, apoya proyectos específicos y vinculados a la ampliación de la cultura de los derechos humanos en la sociedad civil.

En cuanto a los aspectos formativos en derechos humanos, destacan los cursos, seminarios especializados, cursillos para colectivos específicos, estudios y trabajos de investigación, proyectos de análisis y evaluación, y conferencias tanto en el ámbito local como en el internacional.